Crystal River ligger på Floridas västkust vid Mexikanska golfen och har ett varmt, fuktigt klimat med milda vintrar och varma somrar. Området är särskilt känt för sina klara källor och manater som söker sig till det varma källvattnet under vinterhalvåret.
Temperaturerna ligger normalt på 20-32°C beroende på säsong. Vintern är mild och behaglig, medan sommaren är varm, fuktig och mer regnig. Vår och höst erbjuder ofta bra temperaturer för kajakpaddling, båtliv, natur- och vattenupplevelser.
Den bästa tiden att resa till Crystal River är vanligtvis från november till april. Vädret är mer behagligt och det är också högsäsong för att se manater. De bästa chanserna att se manatee är vanligtvis från december till februari, när djuren går till de varma källorna.
Crystal River upplever mest regn under sommarmånaderna, särskilt från juni till september, då det ofta finns kraftiga men korta skurar och åskväder. Vintermånaderna är i allmänhet torrare och mer stabila.
| Jan | Feb | Mar | Apr | Maj | Jun | Jul | Aug | Sep | Okt | Nov | Dec | |
| Dagstemperatur | 22 | 23 | 25 | 28 | 31 | 33 | 33 | 32 | 33 | 31 | 28 | 24 |
| Nattemperatur | 9 | 9 | 11 | 13 | 16 | 20 | 22 | 23 | 22 | 19 | 14 | 10 |